一开始，大蛇丸以为自己功高震主，猿飞日斩在借机敲打他，心里有些不忿但还是忍住了。但时间过了一年，木叶和岩隐、云隐打得如火如荼，村子还没启用他，这其中的道道就不是一句两句能说清楚的了。
木叶高层要雪藏他！大蛇丸醒悟过来时，可为时已晚。时间已过一年，他的战功被稀释淡化，由他担任四代火影的声音也很少能听到了。大蛇丸是个孤傲的人，他不屑去争辩，也不想知道原因，如果他去猿飞日斩面前哭诉，很可能还有转机，但乞求来的火影之位，大蛇丸看不上。
对火影之位心灰意冷，大蛇丸推掉所有的任务，一门心思投入了科学的海洋。中途收下了红豆作为亲传子弟，用来维系他和杜克之间的关系，成天和杜克两人憋在地下实验室，一个星期也不一定会露一次面。
大蛇丸受高层冷落，明眼人都心知肚明，以前围在他身边溜须拍马的墙头草，也纷纷拉开了距离。紫霄也有些后悔让红豆拜入他门下，现在大蛇丸在木叶的地位不上不下，红豆的弟子身份，让他这个暗部部长很尴尬。
红豆的事情已成定局，紫霄没办法，于是多次劝言杜克离大蛇丸远点，别整天和大蛇丸搅和在一起。不为别的，就是为了四代火影上位时，别把杜克打上大蛇丸一派的标签。紫霄心知高层斗争的残酷，四代火影上一位，他的暗部部长基本到头了，没有他从中庇护，杜克那点小聪明很可能被玩死。
杜克对此毫不在意，四代火影是谁，在木叶扑朔迷离，但他心里清楚啊！自家老师自来也的弟子，他的师兄波风水门，出了名的阳光暖男气管炎，他怕个蛋啊！
杜克把紫霄的善意当做耳边风，依旧我行我素，成天和大蛇丸猫在实验室，整宿整宿的不回家。众叛亲离的大蛇丸在这一刻，心里有那么一丝感动，除了自来也，杜克是唯一没有对他改变态度的人。
高层选拔第四代火影将他剔除在外，把他的高傲和自尊贬的一文不值，杜克的做法无异于雪中送炭，让大蛇丸觉得自己没看错人。于是乎，大蛇丸投桃报李，对红豆的教导愈发用心，连压箱底的招式都传授了，可以说是下了血本。
二人痴迷在研究中不可自拔，随着新世界的出现，杜克的各项科学理论基础越来越扎实，眼界也越来越开阔。从一开始给大蛇丸打下手，偶尔提两个建设性意见，后来两人互补互进，到现在大蛇丸偶尔给杜克打下手。二人思想作风、兴趣都合得来，颇有臭味相投的意思。
这一天，实验室外，杜克接到一名暗部的手札，摊开一看，竟然是自己的征调令。
杜克把手札递给大蛇丸，对方看完脸色猛地沉了下去。
“村子征召你组成水门小队！？桀桀桀……这可真是…这可真是干得漂亮啊！”大蛇丸杀机大盛，他已经放弃了火影之位，一心研究自己的梦想。没想到村子仍旧不依不饶，要把杜克调离他身边。大蛇丸很清楚杜克对他的实验有举足轻重的帮助，调走杜克相当于打断了他一条腿，梦想被扼杀，大蛇丸如何能忍。
“是自来也老师推荐我的！”杜克耸耸肩，表示爱莫能助。
“自来也那个白痴，凑什么热闹！”大蛇丸脸色变了两遍，暗怪自来也不知死活，炮灰的活也要抢。
沉默了一会儿，大蛇丸冷不丁说道：“看来，那白痴的弟子波风水门就是下一任火影了！”
“你看出来了？”杜克为大蛇丸默哀三秒，也为他有些不值，这时候的大蛇丸虽然三观跑偏，但还有挽救的可能。现在好了，彻底没救了。
“怎么可能看不出来？自来也那个白痴，教徒弟还是很有一手的，水门的实力不弱，一人足矣在战场来去自如。征调你去恐怕是让你给他当护卫，顺便帮他刷战功，方便给他造势。”大蛇丸心机深沉，眼光何其老辣，瞬间就看破了真相。
“你就不生气？”大蛇丸冷静的模样，出乎杜克的意料，本以为大蛇丸会当场暴走。
大蛇丸凛然一笑：“为什么要生气？一个傀儡罢了！水门太年轻，威望不足，三代扶持他上位恐怕会把持火影的权力很长一段时间，估计那帮长老也是这么想的。白痴自来也凑什么热闹，老老实实待在一边不好吗？想必水门成为火影的那一天，他也会被各种理由支离出木叶……真是白痴透顶！”
杜克：“……”
原来还有这种操作！
杜克感慨高层把权不放，大蛇丸估计就是太强势，才被PASS的。敬佩大蛇丸毒辣的政治嗅觉的同时，又替他可惜了一把，大蛇丸还是小看高层对权力的执着了。大蛇丸说自来也老实待在一边就会没事，却不知道他自己老实蹲在蛇窝里，最后还是叛逃了。
杜克离去后，大蛇丸看着空空的实验室，顿时心意阑珊，生出一股离去的念头。就在这时，一名暗部打扮的忍者出现实验室外，见到大蛇丸，低声道：“大蛇丸大人，团藏大人有请！”
大蛇丸眼中猛地爆发一阵杀机，一条巨蟒从土中窜出，将暗部打扮的忍者缠住，搅碎骨头后吞入腹中。
“已经这么迫不及待想赶我走了吗？战争还没结束呢！”蟒蛇扭动身躯埋入泥土下，大蛇丸幽幽叹了口气，走出阴暗的实验室，看向远处耸立在木叶中央的火影岩。
“真是讽刺啊！历代火影们……”
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